然而，清朝统治者很快就昏招跌出，让本来已经安定下来的局势彻底崩溃了。入关当年年末，清廷开始圈地，强迫当地百姓为奴，又实施苛刻的奴人政策和逃人法。一时之间流民四起，无数人惨死在路上，被抓回去的更是生不如死。很多汉族官员对待自己手下的百姓不像满清贵族那么残暴，为了维护八旗的利益，清廷对他们也毫不犹豫。三藩之一，受皇太极高度待遇的靖南王耿仲明为清朝南征北战十多年，因为私藏了三百多逃人，居然还在率军出征的路上，被逼自杀。
等到大顺政权覆灭，南明弘光政权被多铎平定，多尔衮认为天下已定，于是颁布了“剃发令”，强制要求改满族衣冠，也就是“留头不留发，留发不留头”。此令一出，顿时天下大乱。本来只是大明、大清、大顺、大西等皇帝军阀争夺天下，和天下百姓无关，然而剃发令却把全国百姓都牵连进来。这让本来觉得就是换了个皇帝的百姓们意识到，这不是大明亡国的问题，而是“亡天下”的程度了。
本来李自成死后，他的余部高一功、袁宗第等人就在考虑降清，然而当得知降清需要剃发后，迅速改变立场，也成为了抗清时间最久的一支队伍，最后夔东十三家覆灭时，弹尽粮绝，李来亨一支孤军坚守了长达半年，最后全家自尽，将士跟随赴死者超过六千人。
本来江南也已经平定，但是剃发令一出，马上就激起了民变。江阴百姓最先起义，在孔庙发誓“头可断，发决不可剃”!一座小小的江阴县城，居然拖住了清军主力八十天，最后城破时清军残酷的屠城，全城仅五十三人生还。同时，全国各地都爆发了抵抗剃发的起义，像年仅十七岁义士夏完淳等人都英勇就义。
清朝的错误政策甚至让本来水火不容的大顺军、大西军与南明联合起来，把原来可以投降的明朝官员百姓都逼成了自己的敌人。不仅如此，清廷甚至连已经投降还在出力的汉人军阀都要得罪。郑成功之父郑芝龙降清后，立即被关押，不久处死，于是郑成功成为了清朝大患，一度差点光复南京。李成栋曾帮助清军镇压江南义军，但却仅得到一个提督，清朝空降了一个贵族总督骑在他头上作威作福，终于逼反了李成栋，一时广东全叛。大同总兵姜瓖曾经引清军入山西，战功显赫，不但没有加官进爵，反而多次被无端指责，姜瓖愤懑之下，以山西全省叛清。本来清洗功臣都是在鸟尽弓藏的时候，可清朝不是，还没卸磨呢，就已经开始杀驴了。
清朝统一天下的难，完全在于是自己创造出来的难。本来经历了明末的战乱，天下的百姓士兵都想过个太平日子而已，然而清朝偏不，一定要与天下人做对到底，不但和汉人的百姓，也和士绅、官僚做对，硬生生把本来十年内能结束的战争打了四十年。
